Kobber er et grundstof, der hører til de tunge metaller. Det er et såkaldt mikronæringsstof, der er nødvendigt for planters trivsel, men som kun behøves i meget små mængder. Ligesom de andre tunge metaller indgår kobber i enzymerne, specielt i iltning- og reduktionsenzymerne.
Ved kobbermangel gulfarves vækstpunktet, som derpå dør. Senere kan der udvikles et overmål af sideskud, der også gulfarves og dør. Kobbermangel ses mest på tørvejord, men var tidligere ikke almindelig, da kobberforbindelser indgik i mange bekæmpelsesmidler mod plantesygdomme. I dag anvendes tørvestrøelse i de fleste såkaldte enhedsjorder, og kobberforbindelser er ofte erstattet med organiske bekæmpelsesmidler; derfor er kobbermangel blevet almindeligere. I tilfælde af kobbermangel tilføres' jorden 0,5- 1,0 kg kobbersulfat (blåsten) pr. 100 m².
Mens kobber er nødvendigt i små mængder, er det til gengæld meget giftigt i større mængder for både planter og især svampe. Det har derfor været meget benyttet som plantebeskyttelsesmiddel (se artiklerne Blåsten og Bordeauxvæske).
Kobber anvendes desuden som forebyggeisesmiddel mod træødelæggende svampe. Ved trykimprægnering af træ er det almindeligt at anvende en blanding af kobber-, krom- og arsensalte, der alle er vandopløselige. Saltene bindes til cellulosen i træets celler, hvorfra de ikke kan udvaskes; på denne måde er træet beskyttet i 20-30 år. Der er også tilsat kobberforbindelser til de såkaldte bestrygningsmidler til overfladebehandling af træ, Se artiklen Træmaterialer.