Linné med Linnaea borealis, der er opkaldt efter ham. Carl von Linné er ophavsmand til det videnskabelige navngivningssystem, ifølge hvilket alle dyr og planter skal have to videnskabelige navne, et slægtsnavn (sammenligneligt med vort efternavn) og et artsnavn (nærmest svarende til et fornavn). Han er forfatter til Species Plantarum (1753), Genera Plantarum (1754) og Systema Naturae (1758), der er udgangspunktet for al moderne navngivning i botanik og zoologi. Desuden var han mester for det såkaldte sexualsystem, ifølge hvilket planteverdenen inddeles i grupper efter antallet af støv- og frugtblade i blomsten. Endelig var han forfatter til talrige grundlæggende værker inden for botanik og zoologi.
Rudbeckia. Linrie ærede sine venner ved at navngive planter efter dem. Fjenderne lagde navn til ubehagelige slægter.
Linné blev født i 1707 i Småland, hvor hans planteinteresserede far Nils Linnaeus var præst. Hans planteglæde smittede af på den lille Carl, som til gengæld ikke var særlig boglig interesseret. Når som helst lejlighed bød sig, drog Carl ud på indsamlingsture i naturen, og i stedet for at studere teologi efter forældrenes ønske begyndte han at studere medicin.
Linnés første universitetsår blev tilbragt i Lund, men allerede året efter kom han til Uppsala universitet, som han livet igennem bevarede tilknytning til. I Uppsala mødte Linné flere naturvidenskabsmænd, som senere skulle få stor betydning for ham, deriblandt Olof Rudbeck den Yngre og Peter Artedi. Rudbeck var lærer i filologi, men havde oprindelig været naturvidenskabsmand og sammen med sin far udarbejdet en samlet oversigt, Campus Elysii, over alle da kendte planter. Peter Artedi var student som Linné, og de to indledte et nært samarbejde, De var klar over, at man kan inddele dyr og planter på to principielt forskellige måder, nemlig i et naturligt system, hvor arterne grupperes efter, hvor mange bygningstræk de har tilfælles, og et kunstigt system, hvor man ved hjælp af nogle få udvalgte karakterer får arterne placeret og identificeret. Det system, som Linné udarbejdede, det såkaldte sexualsystem, er baseret på nogle ganske få karakterer i blomsten, nemlig især antallet af støv- og frugtblade. Udarbejdelsen af systemet påbegyndtes allerede i Uppsala; men det blev først publiceret nogle år senere i Holland, da førsteudgave n af Systema Naturae blev offentliggjort i 1735. I 1732 rejste Linné, støttet af det kgl. svenske videnskabernes selskab, til Lappland, som på det tidspunkt endnu var relativt uudforsket. Rejsen varede ca. et halvt år og gik nordover fra Uppsala i Sverige og hjem igen via Åbo i Finland. Fra rejsen stammer hans Flora Lapponica, som blev publiceret i Amsterdam i 1737. Linné var kommet til Holland som følgesvend for den velhavende Claes Sohlberg, gennem hvem han også havde mødt sin senere kone Sara Elizabeth, Undervejs fik han sin medicinske doktorgrad i byen Harderwijk, hvor man nærmest levede af at sælge doktorgrader uanset afhandlingernes kvalitet. Linnés medicinske viden stod langtfra mål med hans botaniske; men med sin doktorgrad i hånden havde han nu ret til at slå sig ned som praktiserende læge i Sverige. Vigtigere for Linné var det dog, at han under sit ophold i Holland kom i forbindelse med en del videnskabsmænd og velgørere, som forstod værdien af hans medbragte, men utrykte botaniske og zoologiske arbejder og hjalp ham med at få dem offentliggjort, bl.a. Systema Naturae og Hortus Cliffortianus om haven, som tilhørte direktøren for det Nederlandske Ostindiske Kompagni, George Clifford. I 1737 offentliggjorde Linne ikke mindre end 500 sider i folioformat og over 1350 i oktav. Disse arbejder var for størstedelens vedkommende udarbejdet, før han rejste til Holland, og iblandt dem er der et, hvis betydning også i dag er grundlæggende, nemlig Genera Plantarum. I denne bog, hvis hoveddisposition følger hans sexualsystem, offentliggjorde Linné nemlig sin opfattelse af planteslægter som grupper af arter, der alle var hinanden lig, først og fremmest med hensyn til frugtkarakterer. Han kasserede eller omdefinerede over halvdelen af de hidtil anvendte slægtsnavne for planter, idet han nægtede at anerkende slægter, der ikke var holdt sammen af frugtkarakterer. Genera Plantarum i 5. udgave fra 1754 er startpunktet for navngivning af slægter inden for botanikken; slægtsnavne offentliggjort før dette år er ikke gyldige - heller ikke dem, Linné selv har lavet.
Linné nåede også at besøge England, før han i 1738 forlod Holland for at rejse hjem via Paris. Her mødte han brødrene de Jussieu og blev korresponderende medlem af det franske videnskabsakademi.
Da Linné i sommeren 1738 genså sin forlovede i Sverige, havde den 31-årige mand skrevet og udgivet næsten alle sine hovedværker; kun et betydeligt værk, Species Plantarum, blev offentliggjort efter hans hjemkomst. Han var vidt berømt og højt værdsat blandt botanikere over hele Europa; men hjemme i Sverige var hans berømmelse herostratisk. Ophavsmanden til sexualsystemet, omvælteren af alt, hvad fortidens lærde havde bygget op, var til latter i Stockholm, og svigerfaderen forlangte, at han skaffede sig et ordentligt levebrød, før han kunne få sin Sara Elizabeth.
Linné opgav sin »Flora« og slog sig ned som læge i Stockholm, hvor han snart fik en blomstrende praksis som modelæge for hof, adel og velhavende borgere og med speciale i kønssygdomme. I 1739 blev han gift med Sara Lisa, i 1741 fik de sønnen Carl, og i årene op til 1757 fulgte fire døtre. Endelig blev Linné ved Rudbecks død og efter en del pinlige intermezzoer med udnævnelse og afskedigelse af andre udnævnt til professor i Uppsala. Hertil flyttede han i 1741, og her forblev han resten af sit liv, bortset fra nogle enkelte kortere rejser i Sverige, nemlig i 1741 til Öland og Gotland, i 1746 til Västra Götaland og i 1751 til Skåne. Alle disse rejser resulterede i rejsebeskrivelser, som den dag i dag er meget læseværdige, ikke blot for deres naturhistoriske, men også for deres kulturhistoriske indhold.
I 1753 kom Linnés sidste hovedværk, Species Plantarum, den bog, som blev udgangspunktet for moderne botanisk navngivning af arter. Linnés egen hensigt var, at den skulle fungere som opslagsbog for alverdens arter, at man hurtigt og nemt kunne få sat navn på dem og få henført dem til en veldefineret gruppe. Species Plantarum er disponeret i overensstemmelse med det kunstige sexualsystem, og det betyder, at en del arter er placeret i grupper, som de har meget lidt tilfælles med og som står meget langt fra deres naturlige slægtninge. Medlemmer af slægten jernurt kan f.eks. have enten to eller fire støvblade, og da en af de vigtigste karakterer i sexualsystemet netop er antallet af støvblade, er jernurt-arterne derfor blevet placeret i to forskellige klasser. Linné var selv klar over denne svaghed ved systemet, og mange af hans kritikere lagde da også stor vægt på den. Måske er det en af grundene til, at han i 6. udgave af Genera Plantarum indsatte en liste over, hvad han kaldte 58 naturlige ordener. Det vigtigste ved Species Plantarum er da heller ikke systemet, men derimod det, at hver art her er opført med to latinske navne, en ganske kort beskrivelse, forkortede referencer til andre værker, der har nævnt arten, samt sete herbarieark og figurer af den pågældende art. Før Linnés tid havde man ikke nøjedes med at give plantearterne to navne, men havde givet dem beskrivende betegnelser af varierende længde. Således blev den art, Linné i Species Plantarum kalder Convolvulus althaeoides, i 1632 kaldt Convolvulus argenteus Altheae foliis, og i 1738 måtte Linné selv bruge et navn bestående af 10 ord for at skelne denne art fra de øvrige da kendte medlemmer af slægten Convolvulus, snerlerne. Det siger sig selv, at den nye to-leddede navngivning, støttet af en kort, koncis beskrivelse og præcise referencer til andre botanikeres behandling af arten, var et stort fremskridt.
Som professor i Uppsala fik Linné stor betydning, idet han var en meget inspirerende lærer. Mange af hans elever blev så grebet af deres fag, at de tog på ekspeditioner til verdens fjerneste egne, hvorfra de sendte frø og beskrivelser hjem til Linné. Fem af dem vendte aldrig tilbage, blandt dem Pehr Forsskål. Carl Peter Thunberg sejlede syd om Afrika til Japan, Pehr Osbeck til Kina, Pehr Kalm nåede til Nordamerika og Anders Sparrmann sejlede rundt om den sydlige halvkugle. Daniel Solander sejlede med Sir Joseph Banks omkring jorden på orlogsskibet »Endeavour«, en rejse som skabte præcedens i den engelske flåde og direkte førte til, at andre fremstående videnskabsmænd, deriblandt Charles Darwin, senere kom på ekspeditioner med orlogsskibene.
Linnés bolig og have i Linnés Hammarby i nærheden af Uppsala er nu museum.
I 1761 blev Linné adlet og tog navnet von Linné i stedet for Linnaeus, som
han hidtil havde brugt, og i 1758 tog han sig trods økonomiske bekymringer råd til at købe to små landejendomme uden for Uppsala. Ved en af disse, Hammarby, byggede han et lille museum af sten, hvor hans samlinger var sikret mod brand - men ikke mod mug og fugt. Samlingerne blev kun reddet, fordi sønnen efter Linnés død i 1778, mod faderens ønske og efter skænderier med sin moder, fik dem transporteret til Uppsala, hvor han forsøgte at restaurere dem. Men da Carl v. Linné den Yngre pludselig døde i 1783, fik moderen atter samlingerne, som hun af økonomiske årsager straks besluttede at sælge. I Uppsala søgte C. P. Thunberg og hans elever at redde samlingerne for Sverige ved at foreslå kongen at købe dem. Kongen var imidlertid i Italien, og før han kunne nå at reagere, havde en ung englænder, James Edward Smith, købt dem. Det var 18.000 herbarieark, en skalsamling på 1500 stk., 700-800 koraller, 2500 mineraler, 2500 bøger og hele Linnés korrespondance, der på denne måde gik tabt for Sverige. I dag ligger samlingerne i Linnean Society's hus i London, og sammen med hans tre hovedværker bruges de stadig af videnskabsmænd fra hele verden.