Alt, hvad der ligger inden for en celles vægmembran, kaldes protoplasma. Protoplasmaet er den levende substans og består hovedsågelig af vand og æggehvidestoffer. Det er sammensat af en ensartet grundsubstans, cytoplasmaet, og en mængde organ- eller smålegemer, som hver for sig styrer bestemte dele af cellens funktion. Selve cellekerne n med kromosomerne, som bærer cellens arveegenskaber , hører til blandt protoplasma-organellerne; det samme gør grønkornene, hvori fotosyntesen foregår, og de vigtige mitokondrier, der besørger cellens respiratoriske processer (ånding). En meget stor del af protoplasmaet indgår i det såkaldte endoplasmatiske reticulum, et forgrenet membransystem, hvis funktion endnu er uklar.
Se også artiklerne Celle og Cellelære.